筷子筒便于收纳，其底部和周围通常会设置一些小孔隙，将筷子立在里面易于干燥、通风，看起来非常干净卫生。也正因如此，很多人会忽视筷子筒的清洁，给细菌滋生创造了条件。
有人曾对几个家庭专门做过调查和测试，结果如下：
第一个家庭没有定期清洗筷子筒的习惯，通过对筷子筒及筷子的表面取样，并对其进行细菌培养，发现筷子筒里藏有赫氏埃希菌、单增李斯特菌、卵形拟杆菌、海考克氏菌；筷子中藏有表皮葡萄球菌、约氏不动杆菌、砖红色微杆菌。以上细菌中，单增李斯特菌比较危险，该菌喜欢低温，因此在冰箱中比较常见，感染后易引发脑膜炎、心内膜炎、败血症，还会影响胎儿发育，若免疫力低下，还会有高达30%的死亡率；约氏不动杆菌也具有致病性，该菌在自然界广泛存在，当人体免疫力下降时，会造成皮肤、呼吸道、消化道等部位感染；其余几种细菌危险性较小。
第二个家庭同样没有定期清洗筷子筒的习惯，通过检验，在筷子筒发现了婴儿芽孢杆菌、蜡样芽胞杆菌、施氏假单胞菌、芽孢杆菌、霍氏肠杆菌；在筷子上发现了赤红球菌、蜡样芽胞杆菌、海考克氏菌、放线菌。易致病的是蜡样芽胞杆菌，感染后易导致呕吐、腹泻等。其他菌种致病性较弱。
第三个家庭也没有定期清洗筷子筒的习惯，通过检验，在筷子筒发现了枯草芽孢杆菌、烟曲霉菌、金黄色葡萄球菌、葡萄球菌；在筷子上发现了少量的金黄色葡萄球菌、蜡样芽胞杆菌。
烟曲霉菌是一种霉菌，表明筷子筒已经发霉，人感染后易导致肺结核、鼻炎、骨头感染等病症；金黄色葡萄球菌致病性较强，生活中，约有四分之一的食物中毒是由金黄色葡萄球菌导致的。该家庭中，筷子虽然也含有致病菌，但由于使用的是钢筷子，细菌数量很少，相对比较安全。
第四个家庭会每个月定期清洗筷子筒，使用的木质筷子也会定期更换。通过检验，在筷子筒发现了浅绿色气球菌、藤黄微球菌、芽孢杆菌；在筷子上发现了少量的葡萄球菌和蜡样芽胞杆菌。筷子筒的三种细菌都不致病，是安全的；筷子上的细菌量很少，也相对安全。
通过以上结果可以看出，筷子筒非常有必要定期清洗，并且要远离灶台（防止油烟污染），放到通风、最好有光照的地方。筷子清洗后避免用抹布擦，使其自然晾干，然后放到筷子筒里。筷子最好一个月消毒一次，水煮5-10分钟（不适用于塑料筷子）、微波炉高火加热3-5分钟（不适用于塑料和金属筷子），或者放到消毒柜里，都可以给筷子消毒。另外，除了不锈钢等金属材质的筷子之外，其他材质的筷子都最好半年左右更换一次。
